微生物有机肥指的是添加有微生物菌种的有机肥料。微生物有机肥中的有益微生物进入土壤后与土壤中微生物形成相互间的共生增殖关系，抑制有害菌生长并转化为有益菌，相互作用，相互促进，起到群体的协同作用，可改善土壤理化性状，增强土壤保水、保肥、供肥的能力。微生物有机肥也是需要经过发酵工艺处理的。
发酵程序：
1.原料预处理——2.微生物菌种混合——3.发酵――4.调节——5.粉碎，筛选——造粒
1、原料的预处理：包括分选、破碎、含水率和碳氮比调整
2、添加微生物菌种
3、原料发酵：周期一般需要15-20天。第一阶段：指好氧发酵中的中温与高温两个阶段的微生物代谢过程。它是指从发酵初期开始，经中温、高温然后达到温度开始下降的整个过程，一般需10-12天。第二阶段：物料经过第一阶段发酵，还有一部分易分解和大量难分解的有机物存在，需要继续发酵使之腐熟。此时温度持续下降，当温度稳定在35-40℃左右时即达腐熟，一般需5-10天。注意：在发酵的过程中需要定时进行翻抛，调节肥堆温度。
4、发酵后需要再一次进行一次筛分，筛出杂质而后将这些筛出来的杂质进行必要的破碎处理。
5.根据需要，将微生物肥料造成颗粒状或是粉状
