生产有机肥的原料比较广泛，比较常见的就是鸡粪、猪粪、牛粪等畜禽粪便。这样的原料需要进行生物发酵，然后让其达到无害化处理标准，从而进一步制作成商品有机肥。
确定好发酵场地，地面发酵需要的场地需要开阔，场地需要平整，这样才可以方便大量发酵生产。一般情况下，原料的水分较大，需要添加一定比例的干料进行水分调节，比如秸秆粉、蘑菇渣等。
以鸡粪为例，把鸡粪条形堆放在场地上，在原料表面撒上有机肥专用的发酵菌剂，根据水分大小，适量加入干料辅料，一般比例原料：辅料是3：1，条堆的宽度和高度根据各自的翻堆机型号确定。
以翻堆机为例，堆体2米宽，堆高0.8米，长度就根据场地的长度而定。然后翻堆机横跨在鸡粪条堆上边，对原料进行均匀翻堆、搅拌、破碎，让鸡粪和干料辅料和菌种充分搅拌均匀，翻堆机兼有破碎功能，即使鸡粪或干料辅料有大块，在翻堆机的作用下也可以将大块打开、打碎。
翻堆机翻堆过后，形成新的一个条垛，并且新堆体是蓬松、松散状态，为物料发酵创造了一个有利的好氧状态，非常有利于有机肥的生产发酵。在这样的状态下，翻堆过的堆体24小时内就可以升到高温，让堆体维持高温2-3天，然后再进行翻堆。
这样的状态7天就已经基本成肥。高温中，鸡粪里的病菌、虫会被杀死，大分子蛋白分解成利于农作物吸收的小分子蛋白。
随着高温、翻堆，原料里的水分会逐渐降低，一般的发酵周期是12-15天，发酵完成，就可以收堆了，水分也降至35%左右。可以继续下一步的深加工，筛分、粉碎、造粒等。只要先期的发酵工作做的好，有机肥的品质才会更优质，后期的深加工环节也会更容易进行，比如造粒方面，不会出现不易成球等问题。
发酵好的有机肥半成品呈褐色、深褐色，没有臭味，会有一点点氨味。
这样的有机肥施用到田地里，不用担心会产生土传病害，也不会烧根苗，有机肥里的氮磷钾等养分丰富全面，更容易被农作物吸收，长期施用，会彻底改良土壤干裂、板结的情况，让土壤的保水保墒性能增强，让农作物增产增收，品质上更有进一步的提升。
