在畜禽粪便无害化处理时，一般采用好氧条垛式发酵。也就是一般的堆垛式发酵，在发酵时需要注意的是，要避免风吹雨淋，减少有机质。因此，在发酵之前，要先建好防雨棚以及堆砌发酵槽。
1.每吨原料配比
牛粪500kg+猪粪300kg+菌渣200kg+菌种50g（牛粪、猪粪也可以用其他畜禽粪便代替）
辅料：在畜禽粪便湿度较大时，可以添加适当的秸秆、稻壳、饼粕等含水量较低的物料，来降低发酵物料的含水量。
2.条堆
按以上原料配比，根据需要进行条堆。条堆长度不限，宽2米、高1米左右。在条堆时需要把物料逐层均匀进行堆放。根据每次粪便处理量的大小，选择合适的翻抛机宽度。下图为带提升式的槽式翻抛机，可以调动翻堆高度，同时缩短翻堆回程速度。
3.添加菌种
将菌种和菌渣按1：5的比例扩大（这样做的目的在于：稀释菌种、使之撒均匀。比如，用1kg菌种配5kg麦麸或者稻壳粉都行）。一般1kg菌种可以发酵10~20吨的粪便、秸秆，在一次发酵量较大的情况下，可以借助双轴卧式搅拌机均匀混合后，依据条堆数量撒到条堆表面。
4.翻堆发酵
使用槽式翻堆机对条堆进行翻抛。温度升到55℃以上，每隔1~2天翻堆一次，55℃发酵10~15天后，将条堆收起即可。（翻堆的目的是促进水分蒸发、促进氧气进入堆体内部、促进菌种进入堆体内部并迅速繁殖和发酵）
5.粉碎
发酵好的物料还不能直接作为商品直接出售，这是因为长期的堆制会造成结块等现象。这时，筛剩下的大块物料需要进行高湿物料粉碎机进行精细破碎，破碎后得到粉状有机肥。（前期发酵，为了加速发酵进程，可将辅料加入粉碎机进行粉碎）
6.筛分
为了提高卖相，得到粉状有机肥重新筛分，得到均匀一致的粉状物料方可包装。按以上步骤操作以后，经滚筒筛分机筛过之后即成纯粉状有机肥。
7.包装。
将粉状有机肥经自动包装秤包装后方可直接入库、销售。
有机肥料包装机
经过这几个步骤，就可以生产优质的粉状有机肥料了。当然要是做符合国家标准的粉状有机肥，还需要测定发酵好的粪便、秸秆肥的有机物质成分，添加氮磷钾含量，同时还需要调整秸秆等辅料的比例。来确定有机肥各种含量配方
